Azərbaycan tarixən tolerant bir dövlət olduğunu dəfələrlə sübuta yetirib. Elə Azərbaycanda yaşayan müxtəlif dinlərə mənsub insanların təşəkkül tarixi dediklərimizi bir daha sübut edir. Müxtəlif xalqlara və dinlərə mənsub insanların Azərbaycana pənah gətirməsinin əsas səbəbi bu ölkədə yaşayan insanların mədəniyyəti və onların xarakterik keyfiyyətinə çevrilmiş tolerantlıq xüsusiyyətidir. Bu elə bir sərvətdir ki, min illər boyu heç bir qüvvə onu Azərbaycan xalqından ala bilməyib, əksinə, əsrlər keçdikcə daha da zənginləşib və möhkəmlənib. Xristianlıq Azərbaycan ərazisinə yeni eranın ilk əsrlərində, hələ İsa Məsihin həvariləri dövründə nüfuz etmişdir. Xristian dininin bir cərəyanı olan katoliklik Azərbaycanda xristianlığın yayılma tarixində ayrıca səhifə təşkil edir və bu səhifənin yaşı əsrlərlə ölçülür. Azərbaycanda hələ orta əsrlərdən yayılmağa başlayan katoliklik XIV əsrin əvvəllərindən etibarən, xüsusilə XVII-XVIII yüzilliklərdə regiona gələn missionerlərin fəaliyyəti nəticəsində yayılmışdı. Hətta Azərbaycanın ən iri şəhərlərində - Bakıda, Şamaxıda, Gəncədə, Naxçıvanda və Təbrizdə katolik monastırları, missiya və məktəbləri fəaliyyət göstərirdi. Tarixi sənədlər katolik missionerlərin çoxsaylı xeyriyyə, tərcümə və tibb fəaliyyətlərindən, yerli əhaliyə göstərdikləri yardımlardan xəbər verir. Xüsusilə XIX əsrin ikinci yarısı və XX əsrin əvvəllərində neft bumu dövründə Bakıya çoxsaylı katoliklər köçmüş və Azərbaycanda katolik kilsəsinin həyatında yeni mərhələ başlamışdır. Bakıda ilk Roma-katolik prixodu XIX əsrin 50-ci illərində rus ordusu tərəfindən hərbçi katoliklərin Qafqaza sürgün edilməsi ilə əlaqədar olaraq yaradılmışdır. Həmin dövrdə təkcə Naxçıvanda dominikanlara, yezuitlərə, avqustinlərə və digərlərinə məxsus 12 monastır fəaliyyət göstərirdi. Katolikliyin Şimali və Cənubi Azərbaycanda yayılmasında Fransa kralı XIV Lüdovikin (1643-1715) xüsusi rolu olmuşdur. O, yepiskop Padu de Sent Olonu Şamaxı və İrəvan şəhərlərində yezuitlərin məktəb və kilsələrinin açılması xahişi ilə Səfəvi şahı Sultan Hüseynin (1668-1726) yanına göndərib. 1645-ci ildən başlayaraq bu şəhərlərdə Pater Raqurdinin başçılığı ilə yezuitlərin missiyaları fəaliyyət göstərirdi. Elə bu dövrdə papa XI Klementi də analoji xahişlə şaha müraciət etmişdi. Aparılan intensiv fəaliyyət və ciddi səylərin nəticəsi olaraq Fransa ilə Səfəvilər arasında 1708 və 1715-ci illərdə iki müqavilə imzalandı. 1708-ci ildə bağlanan müqaviləyə əsasən, katolik missionerlərə və onların yerli əhalidən olan icmalarına Səfəvi dövləti ərazisində azad yaşamaq, təhsil almaq, dərs vermək və öz dini məzhəblərinə etiqad etmək hüququ verildi. Müqaviləyə əsasən, həmin icmalar yerli hakimiyyət dairələrinin himayəsinə götürüldü. XVIII əsrin sonlarında rahiblərin missionerlik fəaliyyəti tədricən zəiflədi və fəaliyyətləri dayandı. Azərbaycan Rusiya imperiyası tərəfindən işğal edildikdən sonra müxtəlif konfessiyalardan olan xristianlar Azərbaycana gəlməyə başladılar. XIX əsrin ikinci yarısı və XX əsrin əvvəli Azərbaycanda katolik kilsəsinin həyatında mühüm dövr hesab oluna bilər. Bu dövrdə Azərbaycana çoxlu sayda xristian əcnəbilərin, o cümlədən katoliklərin axını baş verdi. Buna ilk növbədə neft amili, digər tərəfdən isə Polşa qiyamçılarının Bakıya sürgün edilməsi səbəb olmuşdu. 1880-ci ildə Bakıda mindən çox katolik yaşayırdı. Onlar 1894-cü ildə Müqəddəs Məryəmin qüsursuz hamiləlik kapellasını tikdirdilər. 1903-cü ildə isə katoliklərin sayı 10 min nəfərə çatmışdı. 1909-cu ildə katolik məbədinin təntənəli təməlatma mərasimi keçirildi. Müqəddəs Məryəm kilsəsi təxminən 1200 nəfərə xidmət edirdi. Kilsə 1931-ci ildə bolşeviklər tərəfindən partladıldı və 1937-ci ildə sonuncu din xadiminin güllələnməsindən sonra 1997-ci ilə qədər Azərbaycanda katolik din xadimi olmayıb. 1991-ci ildən, Azərbaycan müstəqillik əldə etdikdən sonra yerli katoliklər Bakıda katolik icmasını dirçəltməyə cəhd ediblər. 1997-ci ildə ilk katolik keşişi Bakıya gəldi və katolik icmasının dirçəlişi üzərində işləməyə başladı. 2000-ci ilin noyabrında Müqəddəs Taxt-Tac Azərbaycanda sui iuris missiyasını təsis etdi, ona Salesian monastır ordenindən bir rahib rəhbərlik etdi. 2002-ci ildə ilk dəfə Roma papası II İohann Pavel Bakıda səfərdə olmuşdur. Sui iuris missiyası (latınca "öz hüququ olan" deməkdir, Roma Katolik kilsəsi tərəfindən ilkin ərazi-inzibati vahidi missiyasının adı kimi istifadə olunur) 2011-ci ildə Azərbaycanın Apostol Prefekturasına çevrildi. 2008-ci il martın 7-də Bakıda yeni tikilmiş Müqəddəs Məryəm Katolik Kilsəsinin açılışı olmuşdur. Kilsənin açılışında Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevlə yanaşı, Vatikanın dövlət katibi Tarçizio Bertone də iştirak etmişdir. Hazırda Azərbaycanda apostol prefekturası fəaliyyət göstərir. Bakıda yerləşən "Məryəm Ana Katolik Kilsəsi"ndə 250-300 nəfərin ibadət edə biləcəyi salonu var. Ümumilikdə Azərbaycanda 2000-ə yaxın katolik yaşayır. Azərbaycanla Vatikan arasında diplomatik əlaqələr qurulub. 2011-ci il iyulun 6-da Azərbaycan hökuməti ilə ölkədəki katolik icmasının dövlət qeydiyyatına alınması haqqında saziş Vatikan tərəfindən ratifikasiya edildikdən sonra qüvvəyə minmişdir. 2016-cı il mayın 29-da Azərbaycanda katolik kilsəsi tarixində ilk etnik azərbaycanlı din xadimi Behbud Mustafayev dyakon təyin edilib. 2017-ci il mayın 7-də papa Fransisk dyakon Behbud Mustafayevi Müqəddəs Pyotr Bazilikasında keşişliyə təyin etdi. 2017-ci il dekabrın 8-də Roma papası Fransisk Azərbaycan Apostol Prefekturasının birinci prefekti, keşiş Vladimir Feketeni yepiskop rütbəsinə yüksəltdi. Qeyd edək ki, "Məryəm Ana Katolik Kilsəsi"ndən əlavə, Bakıda "Şəfaətçi İsa Məsih" kiçik katolik kilsəsi də fəaliyyət göstərir.